Development of computational tools to assist in the reconstruction of molecular networks

  1. Usié Chimenos, Ana Isabel
Supervised by:
  1. Rui Carlos Vaqueiro de Castro Alves Director
  2. Francesc Solsona Tehàs Director

Defence university: Universitat de Lleida

Fecha de defensa: 28 January 2014

Committee:
  1. A. Sorribas Tello Chair
  2. Alexandra Sofia Trinidade Rodrigues Da Silva Moura Secretary
  3. Miguel Vázquez García Committee member

Type: Thesis

Teseo: 357982 DIALNET lock_openTDX editor

Abstract

L'objectiu d'aquesta tesi és desenvolupar i implementar un conjunt d'eines de mineria de dades per ajudar en la reconstrucció de circuits biològics a través de l'anàlisi i la integració de grans conjunts de dades biològiques. Aquests circuits són importants perquè regulen tots els processos que controlen la vida i la salut dels organismes. El treball principal de la tesis es centra en l'anàlisi de les dades bibliòmiques desenvolupant-se dues eines, Biblio-MetReS per la reconstrucció de xarxes de PPIs i la identificació dels processos en què intervenen aquestes xarxes, i CheNER per la identificació de noms de compostos químics. L'eina final desenvolupada es centra en la integració de mètodes per a l'anàlisi estructural i modelització de proteïnes amb mètodes d'acoblament per a la predicció de complexos físics de proteïna-proteïna.