Implementación de técnicas moleculares para la detección y cuantificación del agente de biocontrol Pantoea agglomerans CPA-2

Resumen

Pantoea agglomerans CPA-2 es un agente de biocontrol (ACB) eficaz en el control de enfermedades de postcosecha en fruta de pepita y cítricos. No obstante, para implementar y registrar su uso como estrategia práctica de control en Europa es importante evaluar la capacidad del ACB para colonizar, persistir y propagarse en condiciones habituales de aplicación con un método de detección que permita diferenciar al antagonista del resto de la microbiota. La presente tesis doctoral tuvo como objetivo fundamental el desarrollo de técnicas moleculares para la detección y cuantificación específica de CPA-2 en su proceso de formulación y en su entorno de aplicación (pre- y postcosecha). Para cumplir este objetivo, en primer lugar se desarrolló y validó la técnica de qPCR, pero se observó la limitación de esta técnica al no discriminar entre el ADN de las células viables y las no viables de la superficie de manzanas conservadas a medio y largo plazo. Esta limitación se superó con un pre-tratamiento de las muestras con propidio de monoazida (PMA) en combinación con la qPCR (PMA-qPCR). Posteriormente, la técnica desarrollada del PMA-qPCR se aplicó para determinar la supervivencia del ACB después de su formulación por liofilización, lecho fluido y atomización pero también para evaluar su dinámica poblacional sobre la superficie de naranjas tratadas en pre- y postcosecha, siendo el primer estudio donde se aplica a un ACB. Finalmente, se estudió la persistencia de CPA-2 en tratamientos de pre- y postcosecha, confirmando su presencia mediante PCR convencional. Los resultados de esta tesis demuestran la versatilidad de las técnicas moleculares basadas en la PCR (qPCR, PMA-qPCR y PCR convencional) para detectar y cuantificar la población de CPA-2 durante su formulación y en las condiciones ambientales de aplicación. Así como la limitada dispersión y baja persistencia de CPA-2 en su entorno de aplicación.